东晋王朝存在了104年，在此期间，有北方“十六国的南侵，有门阀大族有兵权者的窥伺大位，有掌有兵权者的内斗，有境内人民的“起义”；也算得动乱频仍。像琅邪王氏这样参与开国大业的家族，不可能不被捲入这些动乱之中或者受其影响，随着动乱的结果不同，参与者也随之或得势或失势。不过，如琅邪王氏这样子孙支系众多，而又各立门庭，对朝政国是，就未必能全族观点一致。因此，本节打算梳理两个问题；一、琅邪王氏本支内的兴替变化；二、与其他大族比较，琅邪王氏全族在东晋时的浮沉。
    王览六子，其孙辈随从司马睿过江的为王裁子王导(为僧者不计入)。王基子王含、王敦。王会子王舒、王邃。王正子王旷、王虞、王彬。王琛子王棱、王侃。王敦作乱，病死，被开墓扬尸。王含及其子王瑜、王应（过继与王敦)战败，去荆州投王舒，被王舒沉于江。王基一支中绝。王舒本是王敦同党，因沉王舒父子于江有功，未受连累。讨苏峻，封彭泽县侯、卒。长子宴之被苏峻所害，孙崑之，曾孙陋之嗣。又其次子允之后来官至卫将军，下传三世，王希之、范之，似已至晋末。以后可能无嗣。王邃因为不应明帝发兵讨王敦之诏，因而在王敦之乱平定后，忧惧而死。王会一支中绝。王棱因为反对王敦作乱，敦使人害之。棱弟侃，仕至吴国内史，不知有无后嗣，王琛一支也中绝。王彦于西晋末年便后嗣无闻，故王览六子中次子基、三子会、五子彦，六子琛四支，至东晋末俱已中绝，只剩下长子王导、四子王正两支经历南北朝而入隋、唐，世泽绵远。只是所谓其传中绝，不一定都是子孙断绝，或许后世无显宦，史书不载，所谓“君子之泽，五世而斩”吧。晋、宋之间的《王氏谱》已佚失，今天传世之谱，多为明朝以后所修，无法据以补人了。
      司马睿南渡时，王敦在洛阳，王舒还在青州(他本在青州投依王敦)料理公主的后事。王廙、王彬在濮阳。真正辅佐安东军府的是王旷、裴邰、王导、顾荣、贺循等五人。顾荣为军司(即军师，避司马师讳而改称，是军府的首席幕僚，并非军司马，但后人往往把二者弄混了)，职务最高，可是与贺循均是司马睿为安抚江南大姓而委任的。真正的心腹是王旷、裴邰、王导3人。当务之急，为了巩固地位，非要把都督扬州江北诸军事的兵权拿到手不可，便派王旷去淮南。都督江北诸军事的周馥发现了这一阴谋，不知怎么说动了司马越，派王旷千里迢迢，越淮渡河去救上党。王旷为淮南内史，兵马最多不过五千人。周馥把自己管辖下的兵马三万人让与了王旷。他算定了王旷必败，但自己的兵马可以另行补充。果然王旷战败，全军覆没，他个人下落不明。但是司马睿没有放弃兼併淮南兵马的原计划，又派裴邰(《晋·元帝纪》作裴硕，《裴秀传》作裴邵，疑本作裴邵，字形相似误为郃。邵、硕一音之转)任淮南内史，时为公元310年。11月，周馥上书以洛阳孤危，请迁都寿春。司马越以馥不先告知自己而直接上书于怀帝，大怒。召馥和裴硕(即裴郃)。馥不肯行，令硕领兵先行。硕诈称受越密旨，袭馥。战败了，向司马睿求救。311年正月，睿令甘茂攻周馥，周馥兵败奔项，忧愤而死。裴郃终于担任了东中郎将，使持节，都督扬州江西(即江北)淮北诸军事。他领兵去与司马越相会，不料卒于军中。司马睿终于得到了扬州江北的兵权，却损失了王旷、裴邰两大亲信。随他南渡的亲信只剩下王导一人。王导是很佩服裴邰的，到了晚年，还说：“裴道期刘王乔在，吾不得独登此位(所谓此位《晋书·裴秀传附裴邵》作司空，《刘隗传附刘畴传》作司徒。涛按，作司徒是）。
    但是，随着时间的推移，琅邪王氏渡江投奔司马睿的人，逐渐多了起来。首先，王旷的两个兄弟王廙、王彬奉侍母亲来到。接着，王舒“与诸父兄弟”也“渡江委焉”。这里诸父兄弟不知所指何人，大约有王含、王棱、王侃。早在309年时，司马越已假怀帝之命任王敦为扬州刺史，但未将原刺史刘陶免职。敦到扬州，司马睿暂时任命他为安东军府的军谘祭酒。不久，刘陶卒，王敦才得为扬州刺史，广武将军。接着迁左将军，都督征讨诸军事，假节。这都督征讨诸军事，没有军府常驻之地，实际上专为替司马睿扩充地盘特设之官。果然，不久便与甘卓讨平华轶，得了沿江又一大州江州。当时，荆湘流民首领杜弢叛，占领湘州、荆州，王敦又督陶侃讨平之，于是，巴蜀以下，沿江各大州均为司马睿所占有。随着地盘的扩大，司马睿先是升为镇东大将军。313年，怀帝被前赵刘曜所俘，冯邺(即晋愍帝)在长安即帝位，先封司马睿为侍中、左丞相，大都督陕东诸军事。315年又晋封为大都督，督中外诸军事，右丞相。无异将全国兵马大权及行政权名义上都交与了他。这时，司马睿集军政大权于一身，又有了江南的广大地盘，奠定了316年司马邺降前赵后他成为晋朝惟一有资格称帝的地位。果然，在部下文官武将及西晋宗室的拥立下，他于317年称晋王，318年称帝。因立国于江东一带，史家称为东晋。
    王导随着司马睿的职位日高，不但历迁丹阳太守，拜宁远将军，丞相军谘祭酒、右将军、扬州刺史、监江南诸军事。骠骑将军，加散骑常待，都督中外诸军。后来升到领中书监，假节，录尚书事，(扬州)刺史如故(扬州为司马睿寄居之地，刺史照例用亲信人。录尚书事等于有实权的丞相，虽然这时司马睿也不过官居丞相)，而且将过江的兄弟子侄，陆续安插在中朝、外朝。当司马睿称帝时，已知琅邪王氏的第三代人物任官如下：王导晋封武冈侯、进位侍中、司空、假节、录尚书事、领中书监(因为加了司空的头街，成为一品官了)。王敦，侍中，大将军，江州牧（后改江州刺史)。王舒、廷尉。王廙：宁远将军，荆州刺史。王彬；侍中。王棱，广武将军，豫章太守。王含，南中郎将。王邃，尚书。这时，文武两个最高官，沿江三大州(荆、江、扬)的刺史，都由王氏子弟担任，故有“王与马共天下”的说法，这是琅邪王氏最为鼎盛的时期。
    司马睿为帝后，逐渐感到王氏势力太大，便重用刘隗、刁协，抑裁王氏势力。王敦倚仗手握重兵，两次起兵攻打建康。第一次以“清君侧”(清除刘隗、刁协)为名，杀了周觊、戴渊、刁协。王氏族内意见不一，王含在王敦兵至芜湖时，逃出建康，投奔王敦。王导率领族中二十余人，在台等候处分，元帝赦免了他们。等到王敦占领建康，王导貌似中立，实际站到王敦一边。王彬却公开指斥王敦“抗旌犯顺。”王敦因为更换皇帝的条件不成熟，更换了百官百余人，退兵回武昌，但留下了王邃都督青、徐、幽平四州诸军事，镇淮阴，又清除了湘州刺史谯王司马丞。他自己遥控朝政，“四方贡献多人其府，将相岳牧皆出其门。”结果，东晋开国皇帝司马睿忧愤而死。王敦看到元帝已死，自己最畏惧的祖逖、甘卓也死去，便决定二次起兵，纂夺皇位。新继位的皇帝司马绍(史称明帝)决心用自己能指挥的兵力抵抗。王敦走到于湖，有病，越来越沉重，用从王含过继来的儿子王应领兵，王含主张向健康进军。王导知道王敦病势沉重，站在明帝一边劝王含退兵，王含进兵，大败。王敦病死，王含与沈充合兵再攻建康，又大败。烧营夜遁。王含、王瑜、王应投奔王舒，被舒沉于长江。这一次大动乱后，琅邪王氏中王基一支绝后。王会一支的王舒虽因沉王含等于江有功，后来明帝发现他一直站在王敦一边，将他由荆州刺史迁湘州刺史，已不受重用。只是不久，苏峻作乱，他儿子允之平乱有功，留下了这一支，直到晋末，王允之以后再也没出人才。王邃因暗助王敦，忧愤而死。因此，琅邪王氏只剩下王导一支的王洽、王恬、王劭、王荟。王旷一支的王羲之。王庾一支的王颐之、王胡之、王耆之、王羡之。王彬一支的王彭之、王彪之、王兴之、王企之。明帝对于王导，表面上待以殊礼，加太保，却夺去了他的录尚书事，又调应詹为江州刺史，陶侃为荆州刺史，征西大将军，都督荆湘雍凉诸军事。讨王含立了大功的郗鉴为车骑将军。都督青兖二州诸军事，假节，镇广陵。这样，完全控制了长江上下游要害之地。“王与马共天下”的局面从此结束了。
    明帝在位三年死去，遗诏辅佐太子的共七人，太宰司司羕，司徒王导、尚书令卞壶、车骑将军郗鉴、护军将军庾亮、领军将军陆哗，丹扬尹温峤。王导知道自己在其中只是陪衬，当群臣向新皇帝进玺时，王导称病不参加，被卞壶公开批评，又赶紧到场，新皇帝司马衍才6岁(史称成帝），尊明帝后庾氏为皇太后，庾太后临朝称制，以王导为录尚书事，与中书令庾亮，尚书令卞壶参辅朝政，但事之大要却由帝舅庾亮决定。
    不久，庾亮处事不当，引得历阳内史苏峻举兵攻入建康。他本以讨庾亮为名。攻入京城，尚未篡位，只是“改易官司，置其亲党，朝廷政事，一皆由之”。不久，出战被杀。王导原留在建康，苏峻很尊重他。后来陶侃、庾亮、郗鉴、温峤等人起兵逼近建康，王导才携二子逃入庾亮军中。不久苏峻失败，论平峻功，王导未得，升赏。庾亮因为逼反苏峻，苦求地方官，为都督豫州、扬州之江西，宣城诸军事，豫州刺史，镇芜湖。王导虽仍为司徒，朝政实掌握在庾亮手中。但王导颇受成帝的尊重。加以王彬为将作大匠，王舒、王允之立有战功，琅邪王氏的威望仍然未坠。
    不过，第三代只余王导、王彬二人(王舒于苏峻平后死去)，第四代人刚开始走入仕途。王导很忧虑无人光大门户，当朝廷任命王允之义兴太守，允之以父丧辞却之后，王导给他的信中哀叹：“吾群众死亡略尽，子弟零散，遇汝如亲。如其不尔，吾复何言!”
    陶侃不久病死，庾亮升任征西将军，假节都督江、荆、豫、益、梁、雍六州诸军事，领江、荆、豫三州刺史，如果庾亮执掌朝政是从成帝即位的326年算起，这时已是声威最盛之时。可是王导在中朝以司徒身份处理日常政务，虽然有缺点(陶侃、庾亮先后都有废除王导的打算，分别与郗鉴商议，被郗鉴劝止了)，但既是开国功臣，又是三朝老臣，足以起到稳定大局的作用。琅邪王氏有他一人在，就足奠定了“侨姓第一”的地位。公元335年7月，王导死去（8月，郗鉴死去。336年庾亮死去)，其前，王彬死去。琅邪王氏第四代，大都尚在四、五品官间徘徊，计王允之任南中郎将，假节，江州刺史，四品。王恬：后将军，四品。王胡之、王羲之在庾亮征西将军幕府中。(《王羲之传》虽有庾亮临死，上书推荐他任宁远将军，江州刺史事，但是他实刺江州，应在王允之卸任以后)。王彪之：尚书左丞或司徒左长史，六品。这是琅邪王氏因为青黄不接而衰落的时期，但衰而不断。还有这么几个人延一脉至第四代有更多人出仕之时。本来王允之在官场上是大有前途的，但因为和当政的庾氏家庭成员庾怿为争江州刺史有矛盾，后来被调出江州任二品官卫将军，可惜刚到任就死了，年方四十岁。与他同岁的王羲之“素自无廊庙志”召他为侍中(三品)、吏部尚书，都是可以升至尚书令仆，中书监令的。不知为何，他辞却，足有好几年身为布衣，经营男婚女嫁之事。